Die engsten institutionellen Partner des Instituts für Protest- und Bewegungsforschung sind:
- Wissenschaftszentrum Berlin für Sozialforschung
- Zentrum Technik und Gesellschaft der Technischen Universität Berlin
- Forschungsjournal Soziale Bewegungen (im Forschungsjournal gibt es seit der Ausgabe I.2018 eine eigene ipb-Rubrik)
Projektorientierte Kooperationen bestehen mit:
- Institut für soziale Bewegungen, Ruhr-Universität Bochum
- SOCIUM – Forschungszentrum Ungleichheit und Sozialpolitik, Universität Bremen
- Universität Siegen
- Institut für Demokratische Entwicklung und Soziale Integration (DESI)
- AK Soziale Bewegungen der DVPW
- Centre on Social Movement Studies (COSMOS), Scuola Normale Superiore, Florenz
- Centre de Recherche sur l’Action Politique de l’Université de Lausanne (CRAPUL)
- Forum for Civil Society and Social Movement Research (CSM), Universität Göteborg