Die engsten institutionellen Partner des Instituts für Protest- und Bewegungsforschung sind:
- Wissenschaftszentrum Berlin für Sozialforschung
- Zentrum Technik und Gesellschaft der Technischen Universität Berlin
Projektorientierte Kooperationen bestehen mit:
- Centre on Social Movement Studies (COSMOS), Scuola Normale Superiore, Florenz
- Centre de Recherche sur l’Action Politique de l’Université de Lausanne (CRAPUL)
- Forum for Civil Society and Social Movement Research (CSM), Universität Göteborg
- Institut für soziale Bewegungen, Ruhr-Universität Bochum
- Zentrum für Sozialpolitik, Universität Bremen
- Universität Siegen
- Institut für Demokratische Entwicklung und Soziale Integration (DESI)
- Forschungsjournal Soziale Bewegungen
- AK Soziale Bewegungen der DVPW