In den Arbeitskreisen organisieren sich Forscherinnen und Forscher entlang thematischer, bzw. regionaler Interessen. Die Idee der Arbeitskreise geht zurück auf den AK Soziale Bewegungen in Afrika, der sich bei der Auftakttagung der Institutsiitiative im Sommer 2013 gegründet hat. Seitdem treffen sich die Mitglieder des AKs regelmässig zu Workshops, sie tauschen sich über eine Email-Liste aus und publizieren gemeinsam. Nach diesem Vorbild sind bei der Vernetzungstagung „Bridging and Bonding. Die Forschung zu Protest, Bewegung und Widerstand vernetzen“ neue AKs entstanden. Ihr thematischer Zuschnitt und ihre Moderator_innen sind auf Unterseiten aufgeführt. Die Beteiligung an den Aktivitäten der Arbeitskreise ist jederzeit möglich. Dazu melden sich Interessierte auf der Mailingliste eines AKs an oder kontaktieren die jeweiligen Moderator_innen.

Aus dem Workshop „Refugee Mobilizations“ im November 2015 ist darüber hinaus ein Arbeitskreis im Netzwerk Flüchtlingsforschung entstanden. Der AK Soziale Bewegungen und politischer Protest ist ähnlich organisiert wie die ipb-Arbeitskreise.